Le caractère remarquable du site naturel de la Grotte aux Fées est reconnu par le plan local d'urbanisme (P.L.U.) de la commune d'Allenjoie depuis février 2014. Ce P.L.U., toujours en vigueur, classe en zone “Nr”, espace naturel remarquable, la Vallée de l’Allan et la Source des Fées.
Le plan précise que ces espaces sont « à protéger de manière stricte en encadrant fermement la fréquentation humaine. » Seuls sont autorisés, les travaux d’aménagement destinés à mettre en valeur les sites, du moment qu'ils sont nécessaires et compatibles avec la protection de l'environnement.
Les espaces classés espaces naturels remarquables
sont fragiles et /ou menacés ; ils présentent généralement un fort intérêt paysager et biologique. Ce sont des lieux de découverte des milieux naturels. Ils nécessitent des mesures de protection particulières.
De nombreux facteurs fragilisent les espaces naturels et mettent en péril leur préservation, comme par exemple : la suppression des haies, des sous-bois et des talus ; la perturbation des écoulements sur les talwegs ; l'accélération du ruissellement et de l'érosion, l'asséchement des zones humides.